El inicio de los estudios de Medicina en La Habana se remonta a la creación de la Primera Universidad de Cuba, fundada a inicios del siglo XVIII por la Orden de los Hermanos Predicadores de Santo Domingo, en su convento de San Juan de Letrán.

El 12 de enero de 1726 se toma como el inicio de la Universidad Real y Pontificia de San Jerónimo de La Habana, ubicada al fondo de la Parroquia Mayor y a escasos metros de la Plaza de Armas, en el corazón de la Villa de San Cristóbal de La Habana.

Entre las cinco Facultades de la recién creada Universidad se encontraba la de Medicina, al lado de la de Teología, Sagrados Cánones, Leyes y la Facultad Menor o Bachillerato en Artes, contando la primera con un reducido número de estudiantes y siendo considerada de poca importancia.

El Plan de Estudios de Medicina estaba distribuido en cuatro cátedras: Prima (Fisiología), Vísperas (Patología), Anatomía y Methodus Medendi (Terapéutica), todas con una anticuada carga de lecturas de textos en latín y de clásicos como el Canon de Avicena, los Aforismos de Hipócrates, etc., dependiendo del énfasis que pusiera el catedrático.

Hacia 1790, gracias a la labor de destacadas figuras como el Dr. Tomás Romay y el Padre José Agustín y Caballero, así como de la Sociedad Patriótica de Amigos del País, varían los programas en la Facultad de Medicina, introduciéndose nuevas ciencias tales como la Botánica, la Anatomía Práctica y las Ciencias Clínicas, y el ejercicio práctico en Clínica, Terapéutica, Obstetricia y Cirugía, que se inicia fuera del recinto universitario, en un hospital que desempeñó un papel muy importante, el hospital de San Ambrosio, ubicado en las calles de San Isidro y Picota.

Rara vez se presenciaba una disección, y el estudiante, después de la aprobación de los cuatro cursos, obtenía el título de Bachiller en Medicina, que no le autorizaba a ejercer la profesión, dado el carácter teórico de la enseñanza; luego tenía que estar dos años como practicante a cargo de un médico para obtener el título de Licenciado.

En 1842 la Universidad es secularizada y se procede a una reforma radical en sus planes de estudio, permitiéndose la entrada de los adelantos de la época. Como fruto de este proceso, el Plan de Estudios de la Facultad de Medicina es ampliado. Se comienza a impartir Anatomía Teórica y Práctica, Fisiología, Terapéutica y Arte de Recetar, Patología General, Clínica Médica y Quirúrgica, Anatomía Patológica, Operaciones y Vendajes, Enfermedades de Niños y Mujeres etc., hasta completar un total de 21 asignaturas distribuidas en siete años de carrera. En 1863 nuevamente se realizan cambios y la carrera se reduce a seis años.

El costo de la carrera era muy alto, lo que impedía la entrada de aquellos jóvenes provenientes de familias obreras y campesinas, siendo la carrera el “sueño dorado” de las clases adineradas del país y quedando imposibilitados muchos talentos entre los jóvenes humildes.

Las actividades prácticas se desarrollan en el hospital de San Juan de Dios (ubicado en el actual parque Cervantes) y a partir de 1886, en el recién inaugurado Hospital de Nuestra Señora de las Mercedes, que existió hasta 1959 dedicado a fines docentes, y estaba ubicado en el área que actualmente ocupa la Heladería Coppelia, en L y 23, en el Vedado. Sin embargo, el antiguo Convento de los Dominicos, principal edificio de la universidad habanera, se encontraba a finales de siglo en un estado ruinoso y se hacía necesario su traslado hacia un nuevo sitio.

El “Plan Varona”, bajo la dirección del destacado educador e intelectual Enrique José Varona, fue puesto en marcha con el propósito de poner la universidad más a tono con los requerimientos de la nación. Este plan favorece a la Facultad de Medicina, la cual crece considerablemente en número de cátedras y de estudiantes, además de variar sus programas de educación.

Desde 1903 se habían iniciado las actividades docentes en el Hospital No. 1, que más tarde se transforma en el actual Hospital “General Calixto García”. En 1940 fue inaugurado un edificio construido especialmente para el estudio de la Medicina, el edificio “Ángel Arturo Aballí”, situado en calle 25 entre J e I, en el Vedado, que sustituía el ocupado por esta Facultad desde 1899 en el antiguo cuartel de caballería de la Guardia Civil española, situado en Belascoaín y Zanja. El 6 de enero de 1945 se inaugura también un edificio especialmente construido para la Escuela de Odontología, que más tarde cambió su nombre por el de Escuela de Estomatología.

Desde el Triunfo Revolucionario de 1959, una de las tareas principales de la Revolución fue la transformación radical en la Medicina, incluida la enseñanza.

En 1960 se inició la “Reforma Universitaria” la cual estableció para la enseñanza de la Medicina dos escuelas, la de Medicina y la de Estomatología, formándose así la Facultad de Ciencias Médicas que exitosamente comenzó a preparar masivamente médicos y estomatólogos que satisficieran las crecientes necesidades del sistema de salud que se iniciaba.

El claustro docente fue incrementándose a partir de 14 profesores, que fueron los únicos que no abandonaron el país después de enero de 1959 y que constituyeron el núcleo inicial que formó a lo que es hoy un numeroso y experimentado profesorado del área básica y clínica.
En los inicios del Triunfo Revolucionario no estaban incluidas las asignaturas de Histología, Bioquímica, Física Biológica, Anatomía Patológica y Anatomía Topográfica.

Hasta mediados de los años sesenta las Escuelas de Medicina y Estomatología de la Universidad de la Habana fueron los únicos centros del país que formaban a médicos y estomatólogos. Luego comenzaron a formarse otras escuelas en Santa Clara, dentro de la Universidad Central de Las Villas (UCLV), y en Santiago de Cuba, dentro de la Universidad de Oriente.

En 1976 se creó el Instituto Superior de Ciencias Médicas de La Habana (ISCM-H), como una universidad independiente de la Universidad de La Habana, que se encargaría de la formación de pregrado y postgrado de los especialistas del campo médico, por Resolución Ministerial No. 55 de 26 de diciembre de 1976, la institución pasó a subordinación del Ministerio de Salud Pública (MINSAP), y se precisó el objetivo del ISCM-H.